When gadget, computer, and biotechnology mix up, that's all.

1. Pedahuluan

Saya awali dengan apa itu ImageJ, ImageJ adalah software pengolah image/gambar yang canggih . Software ini gratis (freeware). Okelah jangan terlalu difikirkan masalah itu, yang pasti dengan menggunakan software ini kamu gak perlu crack dan semacamnya, asyik kan? udah canggih halal pula . Dengan software ini kamu bisa, nentuin berat(MW) pita elektroforesis (pasang basa/pb atau kDa/kiloDalton), juga bisa memperkirakan berat protein pada pita tertentu, so gak perlu garis-garis, ngitung log, buat regresi dan pekerjaan membosankan seperti jaman dahulu kala hehe.

Karena saya orangnya sibuk (haha sok sibuk banget sih ni orang), saya akan batasi di penggunaan ImageJ pada analisis elektroforesis, tapi tenang saya juga akan melengkapinya dengan bagaimana cara instalasi. Pokoknya saya harus  memastikan bahwa yang saya tulis ini ada manfaatnya, yaitu membuat kamu (pembaca) bisa mempraktekan hanya dengan membaca petunjuk disini (doakan saya tidak menyerah ditengah  jalan waktu nulis ini :b).

2. Bahan

• Installer software ImageJ for windows download disini (dengan java ; 25MB) atau disini (tanpa java; 3MB), oya java disini diperlukan semacam environtmen supaya bisa ngejalanin ImageJ, jadi buat kamu yang belum pernah download atau belum pernah denger mending dipilih yang dengan java (25MB).
• Untuk Installer selain windows bisa langsung kunjungi disini
• Image gel elektroforesis (hasil  foto, scan, gambar, eh sory gambar keknya gak deh hehe) kalo belum punya ini ada contohnya download disini

3. Installasi ImageJ

1. Double klik file installer yang sudah didownload :              ij143-jdk6-setup.exe ikuti langkah-langkah selanjutnya,
2. Pilih folder instalasi, khusus untuk vista dan windows 7 mending installnya jangan di drive C:\ misal bisa di D:\imageJ\. Hal ini karena kadang kita direpotkan oleh UAC. Kalo belum pernah denger  UAC gak usah terlalu difikirkan, pokoknya install aja diluar drive C:\.
3. Jangan lupa centang create dekstop shortcut biar gampang nyarinya saat ngejalanin. Selanjutnya klik Next dan ikuti aja sampai selesai.
4. Kita butuh macro (semacam plugin) untuk menghitung besar molekul (pb atau Kda) download disini lalu ekstrak dan taruh MolWt.txt di /imageJ/macro/ . selesai!.

4. Analisis gel elektroforesis

1. Jalankan ImageJ, seperti ini kenampakanya,jangan tertipu dengan kenampakanya yang mungil karena software ini sangat dahsyat (ah lebay kumat lagi haha).
2. Ok, finally lets do it tarik nafas dalam-dalam , dan niat dengan sungguh-sungguh belajar :b
3. klik file->Open atau ctrl+O
4. pilih file image gel elektroforesis, lalu tunggu sampai muncul window baru,seperti berikut.
5. klik retangular tool, diunjukkan pada gambar ini(dilingkari merah)
6. buat seleksi berbentuk kotak pada gambar gel, seperti gambar berikut
7. lanjutkan dengan klik analyse ->gels -> select first lanesampai muncul angka “1″ seperti berikut
   
8. kemudian geser kotak (jangan diubah bentuk dan ukuranya), dengan cara men-drag kotak kuning ke kanan, setelah pas di lane kedua, klik analyse -> Gels -> select next lane
   
9. Langkah selanjutnya klik analyse -> Gels -> plot lanessampai keluar window seperti inigrafik inilah yang nantinya akan diproses dan digunakan untuk analisis, intensitas pita dan besarnya.
10. selanjutnya jalankan makro untuk menghitung besar kDa/pb dari pita2 tersebut (disinilah macro diatas dibutuhkan)lalu pilih macro pilih MolWt.txt -> open
11. sekarang kita butuh data marker yang dipakai. caranya  buka notepad isikan tulisan seperti berikut, misalnya marker kita adalah 10000pb, 8000pb, dan 3000pb, antar marker harus ganti baris alias “enter” seperti gambar inisimpan dengan nama marker.txt, lalu open klik plugins -> macros -> open MW file pilih file marker.txt yang tadi dibuat. sampai muncul window ini
12. kemudian pilih tool point selection
13. dengan tool tersebut klik di puncak paling kiri pada pita marker, seperti berikut,
14. klik plugins -> macros -> select referrence band pilih 10000 dan ok. lanjutkan untuk pita marker lainya yang lainya, berurutan sesuai berat molekulnya/pb-nya.
15. sekarang kita suruh softwarenya bikin regresi, caranya mudah , setelah selesai semua pita marker lalu klik plugin -> macros -> Calculate regression line
    
16. untuk menghitung pita yang belum diketahui atau pita sample maka klik pada puncak pita tersebut kemudian klik plugins -> macros -> estimate unknown MW maka munculah MW pita kita.Nah kira2 hasilnya bakalan kayak gini..paling atas marker dan yang bawah pake estimate unknown MW.

5. Kesimpulan

Mungkin terlihat lama dan rumit tapi setelah berlatih maka hasilnya akan jauh lebih cepat daripada ngitung manual terutama yang pita2 banyak dan rumit.

Oya kelemahan ImageJ adalah tidak bisa Undo.so ingat itu!

Untuk mengukur intensitas ada jurnalnya kok, jadi masing2 puncak bisa diukur area under curvenya.

semoga bermanfaat.